こども未来館では、子どもたちの自主的な活動によって、日常のルールを決めたり、イベントを企画したりといった活動が行われています。こども会議は、小学３年生以上の子どもたちによる会議で、館の使い方を考えたり、お祭りなどの実行委員会としての活動を行っています。スタジオ会議は、文化活動室を利用する中高生による会議で、文化活動室の使い方や、自主企画ライブの運営などを行っています。